SMP Santo Fransiskus II merupakan komunitas pembelajar yang unggul dalam kedisiplinan, kecerdasan, toleransi, dan kepribadian berdasarkan Allah yang penuh kerahiman.
1. Mengembangkan relasi pribadi yang mendalam dengan Tuhan dan mengintegrasikan dalam seluruh proses pembelajaran.
2. Menciptakan suasana yang kondusif dalam komunitas untuk belajar terus menerus.
3. Menegakkan kedisiplinan dalam seluruh proses pembelajaran.
4. Menumbuhkembangkan kecerdasan spiritual, sosial, emosional, intelektual, dan daya juang.
5. Mendorong komunitas pembelajar untuk terampil memanfaatkan ilmu pengetahuan dan teknologi.
6. Menggerakkan komunitas pembelajar untuk peduli terhadap martabat manusia dan alam ciptaan.
7. Menerima dan menghargai perbedaan dalam keragaman.
8. Membuka diri untuk bekerjasama dan berjejaring dengan semua pihak.
9. Mengasah hati nurani supaya hidup sederhana, jujur, santun, bertanggungjawab, peka terhadap seni dan karya seni.
10. Bertindak atas dasar cinta kasih Allah yang penuh kerahiman dalam kerendahan hati, kesediaan saling memaafkan, kegembiraan, dan persaudaraan sejati.